Bureau Weesperzijde is in 2000 opgericht door Maarten de Boer (1952, Amsterdam). Daarvoor was De Boer actief als architect van vele restauraties van Rijksmonumenten, waaronder de Haarlemmerpoort. Als ambtenaar bij de gemeente Amsterdam hield hij zich bezig met het behoud en hergebruik van monumenten zoals de Posthoornkerk en de Westergasfabriek. Vanaf 1990 was De Boer directeur van het Amsterdams Monumenten Fonds (AMF). Met sloop bedreigde Rijksmonumenten als de Gerardus Majella (stadsdeel Oost), Werf 't Kromhout en De Duif (stadsdeel Centrum) werden door het AMF aangekocht en gerestaureerd en op die manier als erfgoed behouden voor de stad Amsterdam. Vanaf 2005 houdt Bureau Weesperzijde zich ook bezig met mobiliteit, ondergronds parkeren in relatie tot verbetering van de openbare ruimte.

Opdrachtgevers zijn onder andere ING Real Estate, Delta Lloyd Vastgoed, Q-Park, Ymere, Stadsherstel Amsterdam, gemeente Rotterdam, Heijmans Vastgoed, Volker Wessels Vastgoed, maar ook bedrijven uit het MKB.